20 năm sau kể từ ngày “Ánh Sáng Vĩ Đại” rời khỏi trái đất, con người đã có một thời gian dài sống trong yên bình mà không còn chịu bất cứ sự tấn công nào của Aliens, Hayata bộ trưởng đương nhiệm bộ quốc phòng Nhật Bản ngày ấy là 1 thành viên của SSI (cục điều tra và ngăn chặn Aliens) lần lượt nhớ lại một sự thật chấn động đó là ông từng là Ultraman.
Shinjiro Hayata, con trai Shin Hayata, Ultraman đầu tiên, cũng mang trong mình một sức mạnh tự nhiên đặc biệt. Một ngày, Shinjiro bị những kẻ thù lạ mặt tấn công. Ultraman đã xuất hiện kịp thời cứu nguy, và tháo bỏ mũ đội đầu để cho Shinjiro được biết mình chính là cha của cậu. Mặc bộ đồ Ultraman được cung cấp bởi Ide, một cựu thành viên của SSSP (Science Special Search Party), Shinjiro đã lao vào trợ giúp cha mình, và trận chiến thực sự giờ mới bắt đầu.