Megaman X1 tập trung vào trận chiến giữa Megaman và tên Sigma cùng các tay sai của hắn để bảo vệ Trái Đất. Trong trận quyết chiến này, bạn bè của Megaman lần lượt ngã xuống và Megaman một mình phải đối phó với nhiều Reploid mạnh mẽ lẫn tên Sigma với các vũ khí đều vượt trội hơn cậu.